200 kantat kościelnych i kilkanaście kantat świeckich
Motety
Magnificat
Koncerty brandenburskie
Musikalisches Opfer (Ofiara muzyczna)
Das Wohltemperierte Klavier - dwutomowy zbiór preludiów i fug w każdej tonacji skali temperowanej na instrument klawiszowy
Kunst der Fuge (Sztuka fugi) - zbiór fug, z których każda oparta jest na jednym temacie muzycznym
3 sonaty i 3 partity na skrzypce solo
6 suit na wiolonczelę solo
Wariacje Goldbergowskie
Toccata i fuga d-moll
Zbiór inwencji dwugłosowych
Zbiór inwencji trzygłosowych zwanych simfoniami
Utwory na organy: preludia i fugi, toccaty i fugi, fantazje i fugi, tria, sonaty triowe, koncerty (organowe transkrypcje koncertów skrzypcowych innych kompozytorów, m.in. Antonia Vivaldiego), Passacaglia i Fuga c-moll oraz organowe opracowania religijnych pieśni protestanckich (preludia, fantazje i przygrywki chorałowe)